Narušenie ktorejkoľvek zložky jaskynného geosystému môže vyvolať zmeny, ktoré smerujú k jeho poškodeniu, prípadne až k zániku. Preto treba ochrane jaskýň venovať zvýšenú pozornosť. Keďže sa krasové horniny vyznačujú malou filtračnou schopnosťou, zvláštnu starostlivosť treba upriamiť na jaskyne s vodným tokom. Znečistenie týchto jaskýň alebo povrchových krasových javov (ponory, závrtov) ohrozuje kvalitu vody vo vyvieračkách, z ktorých sa mnohé využívajú ako zdroje pitnej vody.

V krasových oblastiach, najmä v blízkosti jaskýň, treba opatrne vykonávať:

• ťažbu nerastov (doteraz bolo v lomoch zničených 32 jaskýň!),
• poľnohospodársku činnosť (nevytvárať skládky hnoja, orbou a voľbou poľnohospodárskej kultúry neurýchľovať eróziu pôdy, hnojivami neznečisťovať povrchové a podzemné toky, nevhadzovať uhynuté hospodárske zvieratá do priepastí),
• lesohospodársku činnosť (vylúčiť holoruby urýchľujúce eróziu pôdy a meniace režim priesaku vôd do podzemia),
• výstavbu vodohospodárskych diel
• lokalizáciu skládok
• a stavebné práce.

Mnohí neuvedomelí turisti poškodzujú jaskynnú výzdobu, živočíšstvo a archeologické nálezy.

Nebezpeční sú aj zberatelia minerálov, archeologických nálezov a chrobákov (veľmi vzácne endemity), ktorí plienia slovenské jaskyne.